К настоящему времени в Республике Бурятия сформирована развитая сеть особо охраняемых природных территорий (ООПТ). Природно-заповедный фонд составляет 6 % территории республики и включает следующие категории охраняемых территорий: государственные природные заповедники, национальные парки, государственный природные заказники, памятники природы, лечебно-оздоровительные местности и курорты.

В настоящий момент природные комплексы ООПТ охватывают наиболее ценные и слабо трансформированные ландшафты республики. Однако существующей сети ООПТ недостаточно для надежного сохранения экологических систем и биологических видов. Для этой категории земель установлен режим особой охраны. В целях обеспечения их сохранности они изымаются из хозяйственного использования полностью или частично. Наибольшая площадь в структуре угодий этой категории находится под лесами - 1481,6 тыс. га.

В настоящее время охраняемые природные территории в российской части бассейна Байкала составляют 15.07% общей площади и включают более половины береговой линии озера.

На 1 января 2011 года в Республике Бурятия функционирует 3 заповедника: Баргузинский, Байкальский, Джергинский и 2 национальных парка: Забайкальский и Тункинский. Общая охраняемая площадь 2233,0 тыс. га, в том числе 77 процентов - площадь, покрытая лесами, 5 - травянистыми экосистемами, 3 - занятая водоемами. В 2010 году в заповедниках и национальных парках работало 397 человек, из которых 25 - научные работники и 150 человек - государственные инспектора. На содержание заповедников и национальных парков в 2010 году затрачено 138,8 млн. рублей , что на 38 процентов больше по сравнению с 2009 годом. Основным источником финансирования затрат на содержание заповедников и национальных парков являются средства из федерального бюджета - 90 процентов, средства внебюджетных экологических фондов составляют 2 , прочие источники-8 процентов.

Заповедники и национальные парки осуществляют эколого-просветительскую и туристическую деятельность. На их территории находятся 4 музея, 9 визит-центров, 51 экотропаи маршрут, из них один маршрут – водный, 5 – конных, 12 – пеших, 33 – прочих.　

Государственный природный биосферный заповедник «Баргузинский» образован в 1916 году с целью восстановления численности соболя. Флора насчитывает 886 видов высших растений. Фауна «Баргузинского» заповедника типично таежная, но с некоторыми особенностями, вызванными горным рельефом и непосредственной близостью Байкала,　включает 41 вид млекопитающих, 281 видов птиц, 6 видов рептилий, 3 вида амфибий и 46 видов рыб.　　

Государственный природный биосферный заповедник «Байкальский» организован в 1969 году. Научный профиль заповедника – охрана и изучение природного горно-таежного комплекса хр. Хамар-Дабан и побережья озера Байкал. В заповеднике сохраняется огромный генофонд диких животных и растений: общее количество известных видов растений достигает 898. Фауна наземных позвоночных представлена 49 видами млекопитающих, 272 видами птиц, 3 видами рептилий, 2 видами амфибий и 8 видами рыб.

Государственный природный заповедник «Джергинский» образован в 1992 году с целью сохранения в естественном состоянии природного комплекса истоков р. Баргузин и Икатского хребта, изучения естественного хода природных процессов и явлений. На охраняемой территории выявлено 843 вида растений, 43 вида млекопитающих, 146 видов птиц, 5 видов рептилий, 3 вида амфибий и 8 видов рыб.

Национальный парк «Забайкальский» создан с целью сохранения и изучения уникального природного комплекса бассейна озера Байкал. Флора парка составляет 654 вида растений, зарегистрировано 49 видов млекопитающих, 250 видов птиц, 3 вида рептилий, 3 вида амфибий и 47 видов рыб, из них такие виды ценных рыб, как омуль, сиг, хариус.

Национальный парк «Тункинский» образован с целью сохранения природных комплексов Восточных Саян, нагорья Хамар-Дабан, Тункинской долины и части бассейна озера Байкал, а также оптимизации природопользования, развития национальной культуры и организованного отдыха. Общее количество известных видов растений достигает 1015. Фауна наземных позвоночных представлена 47 видами млекопитающих, 316 видами птиц, 4 видами рептилий, 2 видами амфибий и 16 видами рыб.

Особо охраняемые природные территории регионального значения включают в себя 13 заказников общей площадью 694,623 тыс. га.

Заказникам Республики Бурятия более 30 лет. Началом существующей ныне системы республиканских заказников послужило создание в 1966 первого государственного охотничьего заказника «Алтачейский» в Мухоршибирском районе. Из заказников три находятся в непосредственном соприкосновении с озером Байкал: «Верхне-Ангарский», «Энхалукский» и «Прибайкальский». Госзаказники «Боргойский», «Верхне-Ангарский», «Тугнуйский» созданы во исполнение международных конвенций по охране перелетных птиц и среды их обитания, что определяет их уровень и статус. Остальные заказники ориентированы на сохранение численности и воспроизводство охотничье промысловых животных. На территории заказников проводятся биотехнические мероприятия: расселение диких животных, минеральная подкормка и подкормка животных при возникновении неблагоприятных климатических условий.Проведение биотехнических мероприятий в сочетании с охраной, борьбой с хищниками, снижением антропогенных факторов позволяет утверждать о наличии положительной корреляции численности животных в заказниках РБ. Особого внимания заслуживает вопрос совершенствования форм и методов управления заказниками. В республике имеется положительный опыт по применению метода ландшафтно-экологического планирования территории Прибайкальского заказника.　
Основной целью данного метода является установление различных зон на основе определения всех ключевых биотопов, важных для сохранения природных ценностей, и установление в соответствии с зонированием уровня лесопользования на данной территории. Особая роль заказникам отводится в сохранении и мониторинге «краснокнижных» видов животных.　

Государственные природные заказники:

Алтачейский заказник федерального значения

Ангирский заказник регионального значения

Ацульский заказник регионального значения

Боргойский заказник регионального значения

Верхнеангарский заказник регионального значения

Кабанский заказник федерального значения (филиал Байкальского государственного заповедника)

Кижингинский заказник регионального значения

Прибайкальский заказник

Снежинский заказник

Тугнуйский заказник республиканского значения

Узуколугский заказник республиканского значения

Фролихинский заказник федерального значения

Энхэлукский заказник

Источники: http://minpriroda-rb.ru/content/about_bur.php?ELEMENT_ID=3225

http://burstat.gks.ru/public/sr_inform2011/%D0%9C%D0%B0%D0%B9%202011/osobo_ohr.htm

http://minpriroda-rb.ru/content/oopt/